4.2系统+Timescape界面
在系统上，索尼S39h也紧跟潮流，搭载了安卓最新的4.2.2系统，界面方面，也是一贯的索尼特色，采用了和索尼L36h一样的Timescape系统UI，界面风格炫丽夺目，颇有时尚潮流的味道。
锁屏界面、系统信息
主界面、程序界面
拨号、通知栏也支持快捷设置
Timescape特色多任务界面、设置界面
自带相册、视频程序
时钟、日历
XPERIA LINK、智能链接
在索尼S39h的系统中也加入了XPERIA LINK、智能链接功能，能够将手机连接上设备播放音乐和视频等。
Track ID、索尼商城
Walkman播放器
而索尼S39h也是延续了索尼手机的一贯特色，在系统中内置了Walkman音乐播放器。索尼S39h的Walkman播放器界面多彩炫丽，也支持CLEAR BASS音效设置，非常符合年轻人的口味。